影片讲述忍者神龟四兄弟在远离人类世界多年之后,决定主动出击,希望能够靠他们的英勇事迹赢得纽约人民的心,并获得他们的接纳,成为正常的青少年。新朋友艾普尔也前来协助他们扳倒一个神祕的犯罪集团,但是当对方派出一支变种军团,他们很快发现根本就是自不量力。故事主要围绕两位主人公北滨瑛二和七仓凛展开。两人均是学校戏剧部的成员,作为女主演的凛对舞台负责人瑛二抱有恋情,但青春暧昧下不敢直接告白。瑛二帮助凛进行表演训练时,凛才能通过各种角色之口暗示心意,而瑛二也因此仿佛同时被许多女生同时喜欢,因此才被成为“疑似后宫”。